Das Onkologische Zentrum des Universitätsklinikums Jena umfasst 16 Kliniken und Fachabteilungen, 7 Institute, 6 zertifizierte Organkrebszentren (Interdisziplinäres Brustzentrum, Gynäkologisches Krebszentrum, Hauttumorzentrum, Prostatakarzinomzentrum, Kopf-Hals-Tumorzentrum, Viszeralonkologisches Zentrum) sowie 4 Schwerpunkte (Hämatologische, Muskuloskelettale, Urologische und Gastrointestinale Tumoren).